La misión.

La acción se sitúa básicamente, en dos escenarios: los poblados guaraníes de las reducciones (1) de San Miguel, la más antigua; y de San Carlos, situada por encima de las cataratas. El otro escenario correspondería a la capital de la provincia colonial, Asunción (2).

La trama del filme se construye, no obstante, en torno a dos personajes. Uno es un sacerdote jesuita, el padre Gabriel (Jeremy Irons), que acude a la reducción de San Carlos para cubrir el puesto de un correligionario suyo a quien los indígenas han dado martirio, atándolo a una cruz, y lanzándolo por la catarata desde una altura superior a 70 metros. El nuevo sacerdote no tarda en granjearse la confianza de los indios, a quienes seduce al llegar tañendo una flauta y haciendo sonar suave tonadilla. Un día, en plena selva, se cruza con el segundo de los protagonistas, Rodrigo Mendoza (Robert de Niro), que ha dado caza a un indígena. El padre Gabriel no da crédito a lo que ve, y Mendoza recela, por su parte, de la obra misional de un eclesiástico que, a primera vista, se le antoja un obstáculo al tráfico de esclavos que él defiende, y practica con tenacidad. Sin embargo, su vida dará un giro repentino Cuando se entera de que su amada está enamorada de su hermano, habla con él, y éste le confiesa abiertamente el amor mutuo que ambos se profesan. Mendoza se bate en duelo con éste, y lo mata. Dominado inmediatamente, por un profundo sentimiento de culpa, se recluye en un convento, pero el padre Gabriel le propone una forma de redención: integrarse en la reducción que él dirige. Y aunque en un primer momento, Rodrigo se niega, no tardará en aceptar la propuesta. Durante su escarpada ascensión a la reducción, arrastra consigo una pesada carga, de la que le libera uno de los indígenas al coronar la cumbre. Mendoza acabará acogiéndose a la orden jesuita.

Con el tiempo, la reducción de San Carlos se consolida y crece hasta el punto de igualarse a otras reducciones de cierta consideración, como la de San Miguel.

Por su parte, el Cardenal Altamirano es enviado a esas tierras por el Vaticano para supervisar el Tratado de Límites entre los dos reinos peninsulares. Los jesuitas se oponen a la cesión de los territorios que ocupan, dado que de consumarse ésta, los indígenas pasarían a ser esclavos en el acto (en Portugal y en sus posesiones la esclavitud aún no ha sido abolida).

El Marqués de Pombal, primer ministro portugués, es el mayor defensor del Tratado, y no duda en obtener su aprobación bajo cualquier precio, a fin de incrementar el tráfico de esclavos.

Aunque el Cardenal Altamirano admira las cotas de prosperidad que han alcanzado las reducciones de la región fronteriza del río Paraná que él mismo ha visitado, acaba cediendo a las presiones políticas de España y Portugal. De nada servirán el contraataque del padre Rodrigo, acompañado de sus seguidores, en defensa de la reducción, que es asaltada por las tropas hispano-portuguesas, ni el martirio que sufre el padre Gabriel, en plena misa, mientras le acompaña durante la comunión una comitiva de feligreses.

Finalmente, la masacre precede al destierro al que son condenados los supervivientes, aun en contra de su voluntad.